MAS pinalalim pa ang ugnayan ng Japan at Pilipinas pagdating sa edukasyon.
Sa ilalim ng naturang ugnayan ay ang pagbibigay ng Japan ng mga scholarship grants, student exchanges, at trainings para sa mga guro at mag-aaral sa Pilipinas.
Noong nakaraang taon ay nakipagtulungan na rin ang Department of Education sa isang Japanese company.
Bilang hakbang iyon upang mapabuti ang kasanayan ng mga mag-aaral sa pampublikong paaralan sa mathematics.
